De afdeling Exportcertificaten geeft op jaarbasis voor de zuivel sector ongeveer 78 duizend certificaten af via e-CertNL, dit zijn veterinaire certificaten en COKZ certificaten. Daarnaast worden er nog 2200 certificaten buiten e-CertNL om afgegeven, o.a. registratiecertificaten.
Het COKZ is in Nederland bevoegd om namens de NVWA veterinaire exportcertificaten af te geven voor zuivelproducten. Daarnaast kan het COKZ gezondheids- en andere exportcertificaten verstrekken voor Nederlandse zuivelproducten. Hiervoor moeten producenten en producten bij het COKZ onder toezicht staan en de producten moeten worden gemaakt van melk van gezonde dieren. Op deze manier kan voor export worden verklaard dat producten geschikt zijn voor menselijke consumptie.
